Badan Pengelola Perbatasan Daerah mempunyai tugas membantu Gubernur melaksanakan fungsi penunjang urusan pemerintahan dan menetapkan kebijakan program pembangunan perbatasan, menetapkan rencana kebutuhan anggaran, mengoordinasikan pelaksanaan, dan melaksanakan evaluasi dan pengawasan terhadap pengelolaan batas wilayah negara dan kawasan perbatasan di bidang Koordinasi Perencanaan dan Fasilitasi Kerjasama, Koordinasi Pelaksanaan dan Monitoring dan Evaluasi yang menjadi kewenangan Daerah Provinsi.

Badan Pengelola Perbatasan Daerah dalam menyelenggarakan fungsi:

a. penyusunan kebijakan teknis di bidang Sekretariat, Bidang Koordinasi Perencanaan dan Fasilitasi Kerjasama, Bidang Koordinasi Pelaksanaan, dan Bidang Monitoring dan Evaluasi;

b. pelaksanaan tugas dukungan teknis di bidang Sekretariat, Bidang Koordinasi Perencanaan dan Fasilitasi Kerjasama, Bidang Koordinasi Pelaksanaan, dan Bidang Monitoring dan Evaluasi;

c. pemantauan, evaluasi dan pelaporan pelaksanaan tugas dukungan teknis di bidang Sekretariat, Bidang Koordinasi Perencanaan dan Fasilitasi Kerjasama, Bidang Koordinasi Pelaksanaan, dan Bidang Monitoring dan Evaluasi;

d. pembinaan teknis penyelenggaraan fungsi penunjang Urusan Pemerintahan Daerah di bidang Sekretariat, Bidang Koordinasi Perencanaan dan Fasilitasi Kerjasama, Bidang Koordinasi Pelaksanaan, dan Bidang Monitoring dan Evaluasi;

e. penerapan sistem pengendalian intern pada perangkat daerah untuk mewujudkan terlaksananya mekanisme akuntabilitas publik melalui penyusunan perencanaan, pelaksanaan dan pelaporan kinerja yang terintegrasi;

f. pelaksanaan Reformasi Birokrasi pada unit kerjanya;

g. penyampaian Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah secara periodik kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah; dan

h. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Gubernur terkait dengan tugas dan fungsinya.